La actual exposición tiene además sus días contados ya que la Consejería de Cultura ha preparado un programa museográfico y trabaja en el diseño del nuevo discurso expositivo. La muestra actual, la que se puede contemplar en Puertochico, ofrece al visitante más de 600 piezas, pero no todas ellas formarán parte de la nueva exposición, ni únicamente serán ésas.
Cultura dividirá la colección del museo en dos partes y creará, de facto, dos museos distintos. Según el Gobierno, 'la idea es la de ofrecer una interesante y nueva muestra en el Mercado del Este para el público en general, y acercar a los estudiantes de historia y arqueología de la Universidad de Cantabria otra muestra -especialmente diseñada para ellos- en el edificio de la Avenida de los Castros, que acogerá también el Centro de Investigación del Museo, la biblioteca con más de 20.000 volúmenes, los almacenes, y la administración y dirección'.
En palabras del consejero Francisco Javier López Marcano, se trata de 'acercar nuestro patrimonio arqueológico a los cántabros y a los especialistas. Aproximarlo a la facultad donde se forman los futuros historiadores y arqueólogos para que tengan fácil acceso'.
Una vez se cierren las puertas del museo se acometerá la ardua tarea de embalar las piezas de la exposición; después, una vez completado este trabajo, se procederá al traslado y composición del nuevo discurso expositivo en las dos sedes.
El Museo de Prehistoria y Arqueología desarrolla una labor investigadora con sus propios fondos y en excavaciones. En los últimos años su tarea ha estado centrada en el yacimiento romano y altomedieval de Camesa-Rebolledo, en Valdeolea. Asimismo, el museo ha sido el encargado de crear y dirigir el programa expositivo de los centros de interpretación del Románico en Villacantid y de Santa María de Valverde, así como el de la Torre de Pero Niño.
El museo acoge todos los restos de cultura material de origen arqueológico que aparecen en nuestra Comunidad Autónoma, un ingente número de materiales recuperados: El Castillo, La Garma, Altamira, Julióbriga, Morín Todos los restos procedentes de las grandes cuevas y yacimientos, los hallazgos de las campañas anuales de excavación, los seguimientos de obras y los hallazgos casuales pasan a engrosar sus fondos.
El museo nació en 1925 y fue inaugurado por el rey Alfonso XIII en el Instituto Santa Clara. En 1941 se trasladaría a los bajos del edificio del Gobierno en Puertochico y ahora, de manera transitoria, a la espera de la ejecución definitiva del proyecto de Tuñón y Mansilla en la Vaguada de las Llamas, se traslada a la planta expositiva del Mercado del Este y a un edificio de 1.000 m2 en la Avenida Los Castros que anteriormente albergaba la mueblería Muebles Perojo, frente a la Facultad de Filosofía y Letras.